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El Municipio está dividido en dos sectores orográficos: del centro al noroccidente, el relieve es ondulado a quebrado y del centro hacia el suroriente es plano y corresponde a formaciones aluviales y lacustres sujetas a los desbordamientos del río Magdalena y del Canal del Dique. El sector del norte denominado Tierra Firme, cubre la mitad del municipio y está compuesto por pequeñas lomas y serranías que no sobrepasan los 200m sobre el nivel del mar. Entre otras se destacan Loma Alemán, Loma de Legio, Loma de Barro, Loma del Chorrillo, Loma de la Vaca, La Serranía de punta Polonia y la Loma del Caballo. El sector sur es denominado Anegadizo estuvo compuesto por 5 ciénagas: Boquilla, Loca, Sabanagrande y la Cienaga de Manatí. |
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Manatí es relativamente plano, los suelos son arcillosos, permeables con un buen drenaje de textura moderadamente grueso, algunos presentan sales y sodio. Se agrupan en suelos de planicie aluvial, lacustre y colinas.